Все кварцы делятся на три типа: кристаллические кварцы, микрокристаллические кварцы и поликристаллиновые (скрытокристаллические, волокнистые) кварцы.
Последний тип кварцев объединяются под общим названием халцедоны.
От остальных кварцев халцедоны отличаются особенностями своего строения. Они состоят из капсул кремнезема, образующих структуру, подобную волокнам в тканях. К минеральному типу халцедонов относятся такие разновидности драгоценных и поделочных камней, как собственно халцедоны, хризопразы, различные агаты, бладстоун (кровавый камень), яшмовый агат, арканзасский камень, карнелиан (карнеол), оникс, сардоникс, тигровый глаз и камни с многочисленными местными (локальными) названиями. Прозрачными эти кварцы не бывают, но могут быть частично или полностью полупрозрачными (просвечивающими)
К микрокристаллических разновидностям кварцев относятся авантюрин, переливт и некоторые другие достаточно редкие кварцевые образования. Они состоят из микрокристаллов кварца (авантюрин) либо из перемежающихся слоев микрокристаллов кварца и халцедона (перевлит). Также никогда не бывают прозрачными.
Разновидностями кристаллических кварцев являются аметисты, цитрины, аметрины, празиолиты, горный хрусталь (бесцветный прозрачный кварц), дымчатый кварц (раух-топаз), розовый кварц и редчайшая прозрачная разновидность – закатный кварц. Из всех этих разновидностей лишь одна - празиолит, в реальности в природе не существует и стала известна с 1950 года, когда празиолит был впервые получен термической обработкой и облучением аметистов из месторождений Минас-Жере в Бразилии. Все чистые кристаллические кварцы всегда прозрачны.
Природным кварцам свойственны все цвета радуги, за исключением синего (голубого). Любые кварцы любого типа синему цвету всегда обязаны микровключениями других, не родственных кварцам, минералов. Лишь в 2005 году было обнаружено редчайшее исключение в виде полученных облагораживанием (термической обработкой и облучением) прозрачных кварцев насыщенного синего цвета. Но материал, дающий такое результат при облагораживании, исключительно редок, найдено его было не более 1 кг, и потому любой прозрачный кварц синего цвета можно априори считать синтетикой без необходимости геммологической экспертизы.
Вопреки распространённому мнению найти в продаже необлагороженные, полностью «природные» кварцы любых разновидностей достаточно сложно. Различные виды кварцев подвергаются различным способам облагораживания. Подробная информация об этом будет обязательно включена в рассказы о каждой разновидности кварцев.